“双塔”：邓肯和罗宾逊（1997－2003）
1997－98：邓肯到来，马刺从地狱到天堂圣安东尼奥马刺队知道他们会在1997－98赛季中取得很大的进步。毕竟，他们刚过去的赛季的20胜62负的成绩也是球队25年NBA历史上最糟糕的。然而，他们优异的表现还是很快让许多的NBA球队感到吃惊。
在大卫-罗宾逊伤愈复出（他由于受伤而在上个赛季仅出场6次），以及1997年NBA的选秀状元蒂姆-邓肯加入之后，马刺队又再次完成了NBA历史上单个赛季上最大的胜场进步，他们赢下了56场比赛并打入了季后赛的第二轮。
在这个赛季里，邓肯平均每场得到21.1分（NBA中排名第12），11.9个篮板（第3），2.51次盖帽（第6），并取得了最多的57次的两双。他被选入了NBA全明星阵容，并毫无悬念地摘得了年度最佳新秀奖。
马刺在他们最后的62场比赛里面取得了46胜16负的成绩。和邓肯一样，罗宾逊也被选入西部全明星队，并在各项技术统计上都名列前茅：得分21.6分（第10），篮板10.6个（第5），盖帽2.63（第5）以及40次两双（第9）。
在季后赛的首轮中马刺队遭遇菲尼克斯太阳队。但关上菲尼克斯人通往下一轮比赛的大门的，不是太阳队主教练一直担心的邓肯和罗宾逊，而是“小将军”约翰逊。这名5尺10寸的控球后卫的身边一直有马刺需要一个更强壮的控球后卫的传言，而他在同太阳队的系列赛中平均每场得到球队最高的20.5分外加6.0次助攻，帮助球队3比1取胜。
在同犹他爵士队的西部半决赛中，马刺队继续表现出强烈的争冠气势。但他们还是无法找到破解西部卫冕冠军的办法。尽管邓肯砍下了33分，犹他还是以83比82险胜第一场。在第二场中，犹他经过加时以109比106获胜，而马刺队赢球的希望在邓肯扭伤了他的脚踝之后变得渺茫起来。尽管圣安东尼奥回光返照般的赢下了第3场，但他们还是以1比4输掉这个系列赛。
1998—99：第一冠圣安东尼奥在这个缩水的赛季的第一个月中表现不佳。但一旦马刺队找到比赛的感觉之后，就再没有人能阻挡他们第一次夺得NBA总冠军的脚步了。在同纽约尼克队的第五场总决赛中，约翰逊在还剩下47秒时命中了跳投，帮助球队获得了78比77的胜利，也使得球队举起了冠军奖杯。蒂姆-邓肯在这个系列赛中平均每场拿到27.4分、14个篮板和2.2次盖帽，并被选为总决赛的MVP。
邓肯身边的另一名内线大卫-罗宾逊也表现出色。这名全明星球员在他效力马刺的这第10个赛季中，在总决赛的系列赛里面平均每场得到16.6分、11.8个篮板和3.0次盖帽。同时，这也使得圣安东尼奥成为了第一支夺得NBA总冠军的前ABA联盟的球队。
而在赛季结束后另外一件事情引起了人们的关注。先发的小前锋肖恩-埃利奥特透露他是在需要接受肾移植的情况下坚持比赛的。同一种罕见的肾部疾病作斗争的埃利奥特在8月16日接受了移植手术。他的兄弟诺尔捐献了自己的一个肾。
埃利奥特在17场季后赛中平均每场出场33.8分钟，并且他完成了著名的“阵亡将士纪念日的奇迹”。在那一天的比赛中，他在还剩下9秒时，踮着脚尖尽力保持身在场内，并命中了一个关键的三分，帮助马刺队在西部决赛同波特兰的第二场比赛中以86比85反败为胜。
圣安东尼奥的这个冠军赛季有一个糟糕的开局，他们在2月仅仅取得6胜8负。但球员们最终找到了最佳的比赛状态，同时在经验丰富的摇摆人马里奥-埃利进入先发阵容后球队也一下子找到了胜利的感觉。在他们慢热的开局后，马刺以31胜5负完成赛季，而且他们在整个季后赛中的成绩为15胜2负。
邓肯连续第二年被选入NBA的第一阵容。他同时也是NBA中唯一一个在得分21.7（第6）、篮板11.4（第5）、盖帽2.52（第7）和投篮命中率统计49.5%（第10）中都名列前10的球员。
冠军形态（1999至今）
1999年，NBA因为劳资纠纷一度停摆，常规赛也因此从82场变为50场，就在这个特殊的赛季里，马刺队在“双塔”的带领下闯进季后赛，接着又一路横行，最终杀入总决赛，并以4比1战胜了纽约尼克斯队，这是马刺队历史上第一次实现总冠军之梦，邓肯也当选为总决赛MVP。
2000年到2002年，由于处于“湖人王朝”时期，马刺队两度遭湖人队淘汰。
2002-03——第二冠进入2002－03赛季，马刺知道这将成为大卫-罗宾逊在球队新主场圣安东尼奥SBC中心（后更名为AT&T中心）征战的最后一个赛季。为了铭记这个特殊的时刻，马刺更新了“嘉年华彩色”队标，回归原始的银、黑图形（虽然在“嘉年华彩色”队标时期球衣依旧使用的是银色和黑色）。
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